可移動(dòng)，H-鍵合多肽打印到位

這是一個(gè)具有可移動(dòng)的二面角和磁性氫鍵的多肽（蛋白質(zhì)）鏈段的模型。
更新11/25/19：開(kāi)發(fā)了一個(gè)數(shù)據(jù)集，所以現(xiàn)在C-beta角是從估計(jì)的itead數(shù)據(jù)中導(dǎo)出的，并添加了一些更多的照片。
核心單元是一個(gè)打印到位的三肽（無(wú)術(shù)語(yǔ)部分）和一個(gè)粘在C-α-R單元上的膠水（C alpha top部分），重復(fù)連接任意多個(gè)三肽片段。此外，還提供了C-和N-終端，所有單獨(dú)的部分，以防打印到位不為您工作，以及歐佩克文件，以生成它們。
對(duì)于多個(gè)三肽的組裝，使用Jane Richardson的“corncrib”記憶法（Richardson81）并參考標(biāo)簽照片。觀察C=O鍵明顯長(zhǎng)于N-H鍵。通過(guò)這種鑒定，C-α原子的正確立體化學(xué)（L-型氨基酸）將產(chǎn)生圍繞H原子順時(shí)針的CO-R-N讀數(shù)（模型中未呈現(xiàn)α-碳H原子）。小，可重復(fù)使用的電纜扎帶工作良好的支持，而膠水是干燥的這一部分。
氫鍵模擬使用直徑為3毫米x長(zhǎng)度為5毫米的圓柱形釹磁鐵通過(guò)易趣。關(guān)鍵的要求是在所有NH和CO位置上的取向是一致的。如果需要，可以使用磁羅盤(pán)來(lái)確定標(biāo)準(zhǔn)的紅/藍(lán)顏色編碼：羅盤(pán)指針的北向（紅色）端將被吸引到磁鐵的正（藍(lán)色）極上，而磁鐵的負(fù)向（紅色）端將對(duì)齊以延伸羅盤(pán)指針。按照慣例，正氮（N）呈藍(lán)色，而負(fù)氧（O）呈紅色。
可旋轉(zhuǎn)鍵具有內(nèi)部支撐，在打印三肽段后通過(guò)輕輕旋轉(zhuǎn)將其分離，這樣模型就可以“打印到位”。庫(kù)拉切片機(jī)有一個(gè)選項(xiàng)，支持“只接觸建立板”，應(yīng)啟用，以避免干擾內(nèi)部支持。如果首選切片器軟件沒(méi)有等效的選項(xiàng)，則可以使用MeshMixer生成自定義支持，也可以通過(guò)ipection發(fā)現(xiàn)切片結(jié)果始終未修改可旋轉(zhuǎn)綁定。
對(duì)于“就地打印”部分，請(qǐng)檢查切片器輸出，以確定“X”支持的格式正確，并且如屏幕所示可見(jiàn)。
所提供的STL文件是用OpeCAD參數(shù)$fn=8生成的，因此大多數(shù)外表面應(yīng)在不支持普通FDM打印機(jī)的情況下打印。使用$fn=0重新生成文件可能會(huì)產(chǎn)生更令人滿(mǎn)意的結(jié)果（請(qǐng)參見(jiàn)照片），但需要沿曲面提供支持。旋轉(zhuǎn)鍵和氫鍵磁鐵保持架在各自的子程序中設(shè)置為$fn=8，因此不受全局設(shè)置的影響。盡管是八角形結(jié)構(gòu)，H-鍵磁鐵保持架在ABS中打印時(shí)可能會(huì)下垂；可能需要支撐或修整。
該軟件和模型的開(kāi)發(fā)是支持蛋白質(zhì)3D（X，Y，Z）坐標(biāo)和內(nèi)部（鍵長(zhǎng)，角度和二面角）坐標(biāo)之間雙向轉(zhuǎn)換的生物療法拉動(dòng)請(qǐng)求的一部分。用于生成該模型的內(nèi)部坐標(biāo)是從296個(gè)蛋白質(zhì)中提取的，其中含有從2019年9月雙魚(yú)座“pc20_res2.2_R1.0”數(shù)據(jù)集中選擇的酰胺原（約170000個(gè)殘基）。有兩個(gè)近似：（1）ω二面角（Cα（I）-N-C-C-AlpA（I 1））被設(shè)置為180度，而在PDB結(jié)構(gòu)中，它圍繞該值變化。這是為了使內(nèi)部印刷到位的支持平行于基板，因此切片在一個(gè)單一的層。（2）由于模型中相關(guān)的二面角是可旋轉(zhuǎn)的，因此代表R群的C-β原子的角被估計(jì)成四面體鍵角。
這是獨(dú)立開(kāi)發(fā)的原始工作，但是類(lèi)似的項(xiàng)目在Chakraborty13和Davenport17有記錄。
快樂(lè)的折疊。